共设置 15 年的课程内容，包含显密经论、藏语、英语以及密法仪轨等课程。
经论学习方面，学僧每天早上于清晨背诵经典，下午安排学习课程,晚上6点至9点之间则进行辩经活动。
僧人们透过相互问答，激辩的方式，厘清当天所学经论之要义，每个月至少举办一次的大型辩经。
修业年限至少需满 6 年，之后才能开始进入密法仪轨相关之课程，内容包括仪轨的学习，例如法器的摆设、手执法器的动作、供品制作、经文唱诵等。

除上述学习课程外，下密院以修习《密集金刚》著称，因此僧人常不间断地举行各式法会，是理论与实修兼具的道场。